Para hacer una reseña histórica de la Sindicatura General, resulta necesario formular un paralelismo con el proceso de la autonomía de la Ciudad de Buenos Aires.
Una síntesis de lo ocurrido exige precisar que en el año 1994 se reformó la Constitución Nacional, estableciéndose en el Artículo 129 que "La ciudad de Buenos Aires tendrá un régimen de gobierno autónomo, con facultades propias de legislación y jurisdicción...". Esta es la consagración en el texto constitucional de la autonomía porteña, a partir de la cual comenzaron a desarrollarse acciones tendientes a hacer efectiva dicha autonomía.
El primer paso dado en ese sentido fue la elección del Jefe de Gobierno por el voto directo de los ciudadanos, y la elección de los Convencionales Constituyentes que el 1° de octubre de 1996 sancionaron la Constitución de la Ciudad de Buenos Aires. Luego se constituyó la Legislatura, que comenzó a dictar las leyes necesarias para el funcionamiento y administración de la Ciudad con su nuevo régimen de autonomía. Una de ellas, la ley N° 70/LCABA/98, promulgada en setiembre del año 1998, conocida como "Ley de Gestión Administrativa, Financiera y Control del Sector Público", establece cómo se ejecuta el presupuesto de la Ciudad y cómo se lo controla.
En cuanto a la evolución de la Sindicatura General de la Ciudad de Buenos Aires en dicho proceso, se puede decir que en el mes de agosto de 1996 el Jefe de Gobierno de la Ciudad dictó el Decreto 139/GCBA/96, creando la Sindicatura General en momentos en que se encontraba en funcionamiento la Asamblea Constituyente de la Ciudad. Fue en este contexto, que bien podría llamarse "de transición", que se definió el perfil del organismo que tendría la responsabilidad de ser el órgano de control interno del Gobierno de la Ciudad. La Sindicatura fue así caracterizada como un organismo fuera de nivel, con una jerarquía equivalente a la de una Subsecretaría y dependiente del Jefe de Gobierno de la Ciudad.
Encontrándose vigente ese decreto y en funcionamiento la Sindicatura, se sancionó la Constitución de la Ciudad de Buenos Aires que estableció el modelo de control integral e integrado con que actualmente cuenta el Gobierno porteño conforme los principios de "Economía", "Eficacia" y "Eficiencia". Ese Sistema de Control Integral e Integrado está conformado por cinco organismos, cada uno con competencia y funciones específicas:
El Sistema de Control Interno, a su vez, se suma a ese modelo de Control Integral e Integrado que comprende tanto al control externo como al interno del sector público, el primero dependiendo del Poder Legislativo y el segundo del Poder Ejecutivo. A esta altura, el Decreto 139/GCABA/96 que había creado al Organismo quedó virtualmente derogado por la expresa inclusión de la Sindicatura en la Constitución local, que la jerarquizó y la redefinió en sus misiones, funciones y atribuciones con la Ley 70/LCABA/98.
Así, en el mes de marzo del año 2002, el Jefe de Gobierno de la Ciudad dictó el Decreto 245/GCBA/02 -derogando al 139/GCABA/96-, con el que se reafirman las disposiciones de la Constitución de la Ciudad y de la Ley 70/LCABA/98 referidas a la autarquía que le corresponde a la Sindicatura General de la Ciudad Buenos Aires.
En el mismo orden, y con posterioridad, el Jefe de Gobierno dictó también el Decreto 1641/GCABA/04 (que deroga el Decreto 433/GCABA/02) por el que dispuso la obligación de crear las Unidades de Auditoría Interna en todas las unidades de ejecución presupuestaria del Gobierno de la Ciudad, completando así el Sistema de Control Interno establecido en la Ley 70/LCABA/98, del que la Sindicatura General es el Órgano normativo, de supervisión y coordinación.