El Sistema de Control Interno queda conformado por la Sindicatura General de la Ciudad de Buenos Aires, órgano normativo, de supervisión y coordinación y por las unidades de auditoría interna de cada jurisdicción y entidades que dependan del Poder Ejecutivo. Estas unidades dependen jerárquicamente de la autoridad superior de cada organismo y actúan coordinadas técnicamente por la Sindicatura General.

Tiene a su cargo el control interno, presupuestario, contable, financiero, económico, patrimonial, legal y de gestión, así como el dictamen sobre los estados contables y financieros de la administración pública en todas las jurisdicciones que componen la administración central y descentralizada, cualquiera fuera su modalidad de organización, así como el dictamen sobre la cuenta de inversión.

Es el órgano rector de las normas de control interno y supervisor de las de procedimiento en materia de su competencia, y ejerce la fiscalización del cumplimiento y aplicación de las mismas.

Tiene acceso a la información relacionada con los actos sujetos a su examen, en forma previa al dictado de los mismos, en los casos en que lo considere oportuno y conveniente.

Según el Art. N°133 de la Constitución de la Ciudad Buenos Aires:

- La Sindicatura General de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, dependiente del Poder Ejecutivo, tiene personería jurídica propia y autarquía administrativa y financiera.

- Su titular es el Síndico o Síndica General de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires designado y removido por el Poder Ejecutivo, con jerarquía equivalente a la de ministro.

Para que los organismos públicos mejoren sus procesos de gestión, con el objetivo de darle a la administración mayor eficacia y transparencia en pos de una mejor aplicación de los recursos públicos.