Tiene las siguientes funciones:
- Dictar y aplicar las Normas de Control Interno a las que se sujetan las jurisdicciones y entidades; son coordinadas con la Auditoría General de la Ciudad de Buenos Aires.
- Dictar las Normas de Auditoría Interna y supervisar su aplicación, por parte de las jurisdicciones y entidades que se encuentran bajo su órbita de control.
- Emitir informes sobre la gestión y el Sistema de Control Interno vigente en cada jurisdicción o entidad, formulando recomendaciones para su eficientización y fortalecimiento, para la corrección de errores y para la adopción de medidas necesarias conducentes a tales fines.
- Dictaminar sobre la Cuenta de Inversión.
- Formular directamente a los órganos comprendidos en su ámbito de competencia, recomendaciones tendientes a asegurar el adecuado cumplimiento normativo, la correcta aplicación de las reglas de auditoria interna y de los criterios de economía, eficiencia y eficacia.
- Vigilar el cumplimiento de la normativa legal y de las normas emitidas por los Organos Rectores de los Sistemas de Administración Financiera.
- Efectuar el control de la presentación de las declaraciones juradas patrimoniales que prevean las normas en la materia.
- Mantener un registro central de auditores/as y consultores/as a efectos de la utilización de sus servicios.
- Entender en los pedidos de asesoría que le formule el/la Jefe/a de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires y las autoridades de las jurisdicciones y entidades, en materia de control de auditoría interna.
- Poner en conocimiento del/a Jefe/a de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires los actos que hubiesen acarreado o estime puedan acarrear perjuicios para el patrimonio público.
- Establecer requisitos de calidad técnica para el personal de las Unidades de Auditoría Interna.
- Aprobar los planes anuales de trabajo de las Unidades de Auditoría Interna, orientar y supervisar su ejecución y resultados.
- Realizar o coordinar la realización por parte de estudios profesionales de auditores/as independientes, de auditorías financieras, de legalidad y de gestión, investigaciones especiales, pericias de carácter financiero o de otro tipo, así como orientar la evaluación de programas, proyectos y operaciones.
- Toda otra función o tarea que le asigne el Jefe/a de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires.